Saudações, colega! Segundo o artigo 40 do regulamento pedagógico, as faltas devidamente justificadas deixam de ser contadas para o limite de exclusão. Os 20% aplicam-se apenas às faltas injustificadas. Sem se esquecer que a justificação deve entregue no prazo de 5 dias úteis contados a partir da data do cometimento da primeira falta.
Espero ter ajudado a sanar a dúvida.